Co je soubor PDB?

Jak otevřít, upravit a převést soubory PDB

Soubor s příponou PDB je pravděpodobně soubor vytvořený ve formátu databáze programu, který slouží k uložení informací o ladění o programu nebo modulu, jako je soubor DLL nebo EXE . Jsou někdy nazývány soubory symbolů.

Soubory PDB mapují různé komponenty a příkazy ve zdrojovém kódu do konečného kompilovaného produktu, který ladicí program pak může použít k nalezení zdrojového souboru a umístění v spustitelném souboru, na kterém má zastavit proces ladění.

Některé soubory PDB mohou být ve formátu souboru Protein Data Bank. Tyto soubory PDB jsou soubory prostého textu, které ukládají souřadnice týkající se proteinových struktur.

Jiné soubory PDB jsou pravděpodobně vytvořeny ve formátu Palm Database nebo PalmDOC a používají se s mobilním operačním systémem PalmOS. Některé soubory v tomto formátu používají místo toho příponu .PRC.

Jak otevřít soubor PDB

Různé programy používají svůj vlastní soubor PDB k ukládání dat v nějakém strukturovaném databázovém formátu, takže každá aplikace se používá k otevření vlastního typu souboru PDB. Geneious, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio a Pegasus jsou jen pár příkladů programů, které mohou použít soubor PDB jako databázový soubor. Radar a PDBparse mohou fungovat i pro otevírání PDB souborů.

Některé soubory PDB jsou ukládány jako prostý text, jako jsou Geneious 'Database Debug Database, a jsou zcela otevřené v textovém editoru. Tento typ souboru PDB můžete otevřít libovolným programem, který dokáže číst textové dokumenty, například vestavěný program Poznámkový blok v systému Windows. Některé prohlížeče a editory souborů PDB obsahují poznámkový blok ++ a konzoly.

Jiné soubory databáze PDB nejsou textové dokumenty a jsou užitečné pouze při jejich otevření s programem, který je určen. Například, pokud váš soubor PDB souvisí nějakým způsobem s Quicken, zkuste použít tento software pro zobrazení nebo úpravu souboru PDB. Visual Studio očekává zobrazení souboru PDB ve stejné složce jako soubor DLL nebo EXE.

Soubory PDB, které jsou soubory Protein Data Bank, můžete prohlížet a upravovat v systémech Windows, Linux a MacOS pomocí nástroje Avogadro. Jmol, RasMol, QuickPDB a USCF Chimera mohou také otevřít soubor PDB. Vzhledem k tomu, že tyto soubory jsou obyčejný text, můžete také otevřít soubor PDB v textovém editoru.

Aplikace Palm Desktop by měla být schopna otevřít soubory PDB, které jsou ve formátu souboru databáze Palm, ale bude pravděpodobně nutné ji nejprve přejmenovat tak, aby obsahovala příponu souboru .PRC pro tento program, aby ji rozpoznala. Chcete-li otevřít soubor PalmDOC PDB, zkuste STDU Viewer.

Jak převést soubor PDB

Programové soubory databáze pravděpodobně nebudou převedeny na jiný formát souboru, přinejmenším ne s běžným nástrojem pro převod souborů . Místo toho, pokud existuje nějaký nástroj, který dokáže převést tento typ souboru PDB, bude to stejný program, který ho může otevřít.

Například pokud potřebujete převést soubor PDB databáze z aplikace Quicken, zkuste jej použít. Tento typ konverze je však pravděpodobně nejen malý, ale také nepodporovaný v těchto databázových aplikacích (tj. Pravděpodobně nepotřebujete převádět tento druh souboru PDB do jiného formátu).

Soubory Protein Data Bank mohou být převedeny do jiných formátů pomocí aplikace MeshLab. Chcete-li to provést, pravděpodobně budete muset nejprve převést soubor PDB na WRL s PyMOL z nabídky Soubor> Uložit obrázek jako> VRML a importovat soubor WRL v aplikaci MeshLab a použít nabídku Soubor> Exportovat síť jako pro konečnou konverzi PDB soubor do formátu STL nebo jiného formátu souboru.

Pokud nepotřebujete, aby byl model barevný, můžete exportovat soubor PDB přímo do STL pomocí USCF Chimera (odkaz na stažení je uveden výše). V opačném případě můžete použít stejnou metodu jako výše (s nástrojem MeshLab) k převodu PDB na WRL pomocí USCF Chimera a potom exportovat soubor WRL do STL pomocí aplikace MeshLab.

Chcete-li převést PDB na PDF nebo EPUB , pokud máte soubor PalmDOC, je možné několik způsobů, ale nejsnadnější je pravděpodobně použít online převodník PDB, jako je Zamzar . Můžete nahrát soubor PDB na danou webovou stránku, abyste mohli převést na tyto formáty, stejně jako na formáty souborů AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT a dalších e-knih.

Převod souboru PDB na formát FASTA lze provést pomocí online PDB Meiler Lab na převodník FASTA.

Je také možné převést PDB na formát CIF (Crystallographic Information format) online pomocí PDBx / mmCIF.

Pokročilé čtení na PDB

Více informací o souborech s databázemi programů můžete získat od společností Microsoft, GitHub a Wintellect.

Je zde ještě více informací o souborech Protein Data Bank. viz Světová databáze proteinů a RCSB PDB.

Je váš soubor ještě neotevřený?

PDB soubory, které se neotevírají žádným nástrojem shora, pravděpodobně nejsou vlastně PDB soubory. Co se může dělat, je to, že překládáte příponu souboru; některé formáty souborů používají příponu, která se velmi podobá typu ".PDB", když skutečně nesouvisejí a nefungují stejně.

Například soubor PDF je soubor dokumentu, ale většina z výše uvedených programů nebude správně zobrazovat text a / nebo obrázky, pokud se pokusíte otevřít jeden z těchto softwarových programů. Totéž platí pro jiné soubory s podobně rozšířenými příponami souborů, jako PD, PDE, PDC a PDO.

PBD je další, která patří do programu Todo Backup programu EaseUS, a je proto užitečná pouze při jeho otevření pomocí tohoto softwaru.

Pokud nemáte soubor PDB, prozkoumejte příponu souboru, které má váš soubor, abyste nalezli příslušný program, který jej otevře nebo převede.